按疾病累及的系统区分：

结缔组织疾病  神经肌肉疾病  内分泌性疾病

消化系统疾病  泌尿系统疾病  血液系统疾病

生殖系统疾病  皮肤组织疾病  呼吸系统疾病

按器官特异性分为两类：

系统性自身免疫病或器官非特异性或全身性自身免疫病一病变广泛、预后不良

器官特异性自身免疫病或局限性自身免疫病一病变局限、预后良好